目前我国对医疗事故的鉴定方式主要有两种：一是医学会进行的医疗事故技术鉴定；二是通过司法鉴定部门进行的因果关系鉴定。
由于二者的启动程序、鉴定人员的组成、鉴定方式、鉴定内容的不同，因此作出的鉴定结论也不尽相同。一般而言，从法理和诉讼证据的角度来看，司法鉴定要优于医疗鉴定。
因为司法鉴定机构的鉴定人员具有专门的鉴定知识和经验，又具备法律知识，因此比较容易理解法官所提出的鉴定目的，能给有针对性地完成鉴定任务，而医学会作出的鉴定结论只注重是否构成医疗事故。因此，从诉讼的角度来讲，司法鉴定明显优于医疗鉴定，一般以司法鉴定结论为准。