以下证据可以证明夫妻双方分居的事实：
1、夫妻一方在居住的租房合同；
2、夫妻之间自愿拟定的分居协议（一般需要书面，口头的协议需要对方承认才能有效）；
3、平时夫妻之间关于分居事实的书信、聊天记录、电子邮件等；
4、关于分居方面的邮件往来；
5、证人证言，证人证言不能单独证明夫妻双方分居的事实，需要其他证据相印证。