医疗事故赔偿协议书的内容有：
一、当事人的基本情况（当事人是自然人的，应写明其姓名、性别、年龄、民族、籍贯、职业、工作单位、住址和联系电话等；当事人为无行为能力或者限制行为能力人的，应写明其法定代理人的基本情况；当事人是法人或者其他组织，应写明全称、地址、法定代表人的姓名、职务及联系电话等；有多名当事人的，应将每一位当事人的基本情况分别写明。
二、医疗事故的原因、事实以及法律依据；双方当事人共同认定的医疗事故等级；协商确定的赔偿数额；保证协议生效执行的措施。
三、双方当事人的签名或盖章；签订日期。
如有需要，可以参考以下常见的医疗事故赔偿协议书模版。