根据《网络购买商品七日无理由退货暂行办法》的相关规定，经营者在退款时能不能扣除手续费需根据具体的情节予以判断：
一、消费者购买商品时采用信用卡支付方式并支付手续费的，网络商品销售者退款时可以不退回手续费；
二、消费者购买商品时采用信用卡支付方式并被网络商品销售者免除手续费的，网络商品销售者可以在退款时扣除手续费。
消费者在实体店消费的，双方对是否扣除手续费有异议的，可以参照以上方式处理。